Bei den direkten Steuern muss immer zwischen dem Steuersubjekt des Unternehmers als Privatperson (natürliche Person) und dem Steuersubjekt des Unternehmens als juristische Person unterscheiden werden. Ein "Zwischenstatus" besteht dort, wo der Unternehmer seine geschäftliche Tätigkeit als Einzelfirma oder innerhalb einer Personengesellschaft abwickelt. In diesem Fall ist das Steuersubjekt der Unternehmer als Privatperson, es wird aber zwischen Privat- und Geschäftsvermögen sowie Einkommen aus Privatvermögen und insbesondere der beruflichen Selbständigkeit unterschieden.
Die Ermittlung des steuerbaren Einkommens aus selbständiger Erwerbstätigkeit bzw. des Geschäftsertrags oder Unternehmensgewinns erfolgt unter Anwendung von bestimmten Regeln, die sich aus der steuerlichen Aufzeichnungspflicht (Kleinstverhältnisse) und der allgemeinen handelsrechtlichen Buchführungspflicht sowie gegebenenfalls den erweiterten handelsrechtlichen Buchführungsregeln für juristische Personen nach altem Aktienrecht ergeben. Gleiches gilt für die unternehmerischen Vermögensbestände, welche jeweils am Ende der Rechnungsperiode ermittelt werden müssen. Beim neuen Rechnungslegungsrecht sind die Vorschriften vereinheitlicht worden, wobei die anzuwendenden Regeln je nach wirtschaftlicher Bedeutung bzw. Grössenkriterien des Unternehmens variieren. Die nach handelsrechtlichen Regeln festgelegten Buchwerte sind auch steuerlich massgebend (Massgeblichkeitsprinzip). Veränderungen dieser Werte führen grundsätzlich auch zu einer Veränderung des steuerbaren Gewinns.
Das ursprünglich dem Unternehmen zugewiesene Startkapital - in Form von Eigenkapital oder nominellem Gesellschaftskapital (Aktienkapital, Stammkapital) - bildet die Ausgangslage der steuerbaren "Performance" auf Gesellschaftsebene. Jede Zunahme dieses Kapitals aus operativer Unternehmenstätigkeit stellt steuerbaren Gewinn dar. Bei Personengesellschaften beinhaltet der Gewinn aus unternehmerischer Tätigkeit auch direkt den Unternehmerlohn und wird unmittelbar als selbständiges Erwerbseinkommen besteuert. Bei juristischen Personen wird der unternehmerische Reingewinn durch die Gewinnsteuer gekürzt und erhöht dann die Gewinnreserve der Gesellschaft. Bei einer Gewinnausschüttung erfolgt nochmals eine Besteuerung auf Ebene Einkommen des Anteilsinhabers (wirtschaftliche Doppelbesteuerung). Das ursprünglich eingelegte Kapital sowie gegebenenfalls zusätzlich eingebrachtes Kapital (auch in Form von Zuschüssen, die nicht als nominelles Kapital ausgewiesen werden) kann bei einer Geschäftsaufgabe (Liquidation) wieder steuerneutral ins Privatvermögen überführt werden. Wenn ein Unternehmer seine Anteilsrechte verkauft, realisiert er einen steuerfreien Kapitalgewinn; die wirtschaftliche Doppelbesteuerung besteht in diesem Fall grundsätzlich nicht mehr.
Diese Grundprinzipien müssen bei allen steuerlichen Sachverhalten zwischen Unternehmer als Privatperson und dem Unternehmen selber immer wieder beachtet werden.